Yi, ji, ji. Parece que, de algún modo, has conseguido enviar a descansar a los espíritus errantes de Ikana... Pero fuera de Ikana... Todavía hay enjambres de espíritus errantes con pesares persistentes... Los de estas salas quieren verte de nuevo y te han estado esperando aquí un buen rato. Ve a verles si así te apetece... Estoy seguro de que te darán la bienvenida. ¡Yi, ji, ji! 
- — Cazador de Almas
El santuario secreto (Secret Shrine en inglés) es un lugar que aparece en The Legend of Zelda: Majora's Mask. Se encuentra escondido en el cañón Ikana, al que solo se puede acceder después de que Link ha obtenido las flechas de luz, ya que la puerta solo puede ser abierta por el resplandor de la luz sobre el sol en la parte superior de la entrada.
Una vez dentro, Link, una vez más se encuentra con el misterioso cazador de almas, quien le informa que el santuario está lleno de criaturas que esperan ansiosamente una revancha con Link. El santuario consta de cuatro habitaciones, y cada una de ellas contiene un diferente subjefe que el joven héroe se había encontrado antes en templos diferentes: tres Dinolfos (del Templo del Bosque Catarata), un Wizzrobe (del Templo del Pico Nevado), un Wart (de Templo de la Gran Bahía), y un Maestro Garo (del Templo de la Torre de Piedra). Sin embargo, Link debe tener un cierto número de contenedores de corazón para combatirlos, de lo contrario, la puerta que guarda a estos enemigos, estará bloqueada. Para ejemplificar la situación, Link debe tener 16 contenedores de corazón con el fin de luchar contra el Maestro Garo.
Un cofre del tesoro que contiene una pieza de corazón se revela en el centro del santuario una vez que Link sale con éxito y derrota a todos los enemigos dentro.
Cuartos[]
Cuarto 1: Dinolfos[]
Este es el mismo enemigo que custodiaba el arco del héroe en el Templo del Bosque Catarata, se encuentra en la sala de la izquierda. Se necesitan 4 contenedores de corazón para entrar. Hay tres Dinolfos en el santuario secreto en oposición a la vez que se luchó en el templo del Bosque Catarata.
Cuarto 2: Wizzrobe[]
Es el enemigo que custodiaba las flechas de fuego en el templo del Pico Nevado, se encuentra en la sala de centro-izquierda. Se necesitan 8 contenedores de corazón para entrar a la sala. Además, a diferencia del enfrentamiento en el Templo del Pico Nevado, el terreno en esta habitación es más irregular, dificultando un poco más la pelea para Link.
Cuarto 3: Wart[]
Este es el enemigo que custodiaba las flechas de hielo en el Templo de la Gran Bahía, se encuentra en la sala centro-derecha. Se necesitan 12 contenedores de corazón para entrar a la sala.
Cuarto 4: Maestro Garo[]
Es el enemigo que custodiaba con las flechas de luz en el templo de la Torre de Piedra, se encuentra en la sala derecha. Se necesitan 16 contenedores de corazón para entrar a la sala.